在映射文件和每个引脚组或每个引脚中指定的编译时间选项？还是具有绑定到映射文件的新 $-settings 的运行时配置？

它必须是每个映射文件，因为一些板缓冲输出并将这些引脚更改为 OD 可能会使它们无法使用。

如果将 5V 施加到非 OD 输出引脚，是否有烧毁 MCU 的风险？STM32 引脚在推挽 (PP) 模式下是否仍可承受 5V 电压？

我会说每个组的编译时间选项。这些引脚在 PP 中不能承受 5V 或启用上拉，但它们永远不会看到 5V，只有 5V 减去光电和电阻器的正向电压

我的驱动程序 (DM556) 似乎可以在 3.3V PP 下工作，但它超出了规格，在 5V 和 PP 的情况下，opto 永远不会关闭，在 5V 和 OD 下它可以工作并且在规格范围内

好的，那么它会是这样的：

...
#define STEP_OUTMODE            GPIO_MAP
//#define STEP_PINMODE            PINMODE_OD // Uncomment for open drain outputs
...

方向和启用信号相同。